Im 15./16. Jahrhundert wurde der spätromanische Vorgängerbau der Stadtkirche St. Marien zu einer weiträumigen Backstein-Hallenkirche mit vierschiffigem Langhaus (um 1400), dreischiffigem Umgangschor (um 1480) und einem massiven quadratischen Westturm ausgebaut. Gemäß einer Inschrift im östlichen Langhausjoch hat ein Meister Peter den Bau im Jahr 1519 vollendet. Das Langhaus ist mit einem Sternnetzgewölbe und der Chor mit einem schlichten Kreuzgratgewölbe gedeckt. Als Stadtkirche einer durch Bierbrauerei und Bierhandel wohlhabend gewordenen Gemeinde wurde die Marienkirche reich ausgestattet. Zeugnisse dieser Zeit sind die den Zünften zugeordneten Emporen, deren Brüstungen mit 75 Bildern geschmückt sind, die Themen des Alten Testaments zeigen. Der monumentale spätgotische Hochaltar ist zweifach wandelbar und mit Malereien sowie Schnitzwerk versehen. Vermutlich wurde er von einem Künstler aus der Schule von Lucas Cranach dem Älteren geschaffen. Eine weitere Besonderheit sind die evangelischen Beichtstühle von 1729 sowie das Chorgestühl, das ebenfalls aus dieser Zeit stammt und noch komplett erhalten ist. An einer Säule erinnert ein 1884 errichteter Gedenkstein daran, dass am 18. Dezember 1632 die sterblichen Überreste des in der Schlacht bei Lützen gefallenen Königs Gustav II. Adolf bei seiner Überführung nach Wolgast in der Marienkriche aufgebahrt waren, und dass dort eine Leichenpredigt gehalten wurde. An der nördlichen Außenwand des Gebäudes befinden sich Reste einer Christophorus-Darstellung von Anfang des 15. Jahrhunderts.

Für die Stadtkirche St. Marien in Bernau wurde in der treuhänderischen Verwaltung der Deutschen Stiftung Denkmalschutz die "Kinader-Vits-Stiftung" gegründet, die sich für den Erhalt der Ausstattung des Gebäudes einsetzt.