Die Michaeliskirche liegt im Zentrum der Altstadt, nahe der ehemaligen Universität und dem  Collegium Maius. Zwischen 1183 und 1200 wurde eine zweischiffige Kirche von dem Patrizier Kerlinger gestiftet und diente als Pfarrkirche. Ende des 13. Jahrhunderts errichtete man hier eine Saalkirche, deren größte Teile vermutlich im Hauptschiff der heutigen Kirche aufgegangen sind. Seit Eröffnung der Universität 1392 diente die Kirche auch als Universitätskirche.
Die spitzbogige Holztonnen des Hauptschiffes stammen aus der Zeit um 1424/25. Am Tonnenansatz finden sich Schablonenmalereien aus derselben Zeit. Sie wurden im 17. und 18. Jahrhundert teilweise erneuert. 1424 erfolgte die Erweiterung um das nördliche Schiff und um 1500 der Umbau der Dreifaltigkeitskapelle durch den Weihbischof Johann Bonemilch von Lasphe.
Die Kirche zeigt sich heute als zweischiffige Halle mit hohem Satteldach. Auf der schmalen Nordfassade bildet ein profiliertes Spitzbogenportal den Haupteingang. Die bemerkenswerte Ausstattung umfasst einen sechsseitigen Taufstein mit Blendmaßwerk aus dem 15. Jahrhundert sowie Grabplatten und Epitaphien aus dem 15. bis 17. Jahrhundert.. Auf der Westempore steht eine Compenius-Orgel, deren reich beschnitztes, qualitätvolles Gehäuse aus dem Jahr 1652 stammt und die stilistisch den Übergang von der Spätrenaissane zum Frühbarock zeigt. Die Glocke im Turm wurde 1380 gegossen.
Die Dreifaltigkeitskapelle, ein schmaler, zweigeschossiger Bau aus dem Jahr 1500, weist einen überwölbten Durchgang zwischen Straße und Kirchhof und eine kleine, vom Hof zugängliche Kapelle im Obergeschoss auf.
Die Universitätskirche war Predigerstätte von Martin Luther und Erfurter Reformatoren. Vor 1989 war sie Treffpunkt der Oppositionellen.