Die aus baukünstlerischen, städtebaulichen und (sozial-)geschichtlichen Gründen bedeutsame Kirche wurde zwischen 1643 und 1649 unter Leitung des Capitäns J. v. d. Meulen im schachbrettartig angelegten Stadtgrundriss von Friedrichstadt errichtet.
Die flachgedeckte Saalkirche ist nach niederländischer Art mit kleinformatigen gelben Ziegeln gedeckt und zeichnet sich durch Eckquader, Gewände und skulptierte Keilsteine aus Sandstein, die groteske Masken darstellen, aus. Im Osten schließt der Bau in einem Polygon ab, der im Inneren durch einen weiten Rundbogen abgetrennt ist und als Altarraum dient.
Der Westturm wurde erst 1657 erbaut und 1762 von T. Wendler mit Granitquaderverblendung und geschweifter Haube, die eine zierliche achtseitige Laterne bekrönt, erneuert. Die Holzbalkendecke stammt wie die Westempore aus dem Jahr 1861, als auch die Ausstattung weitgehend erneuert bzw. verändert wurde. Dabei blieben diverse Ausstattungselemente aus dem 17. und 18. Jahrhundert erhalten. Die Bildhauerarbeiten werden einem Hamburger Künstler namens Z. Hübner zugeschrieben.
Die St. Christophoruskirche ist eines von über 170 Projekten, die die private Denkmalstiftung dank Spenden und Mittel der GlücksSpirale, der Rentenlotterie von Lotto, allein in Schleswig-Holstein fördern konnte.