Die protestantische Bürgergemeinde Regensburgs ließ mitten im Dreißigjährigen Krieg auf einer engen Parzelle an der Kreuzung zweier Fernstraßen mitten im Kaufmannsviertel ein freistehendes repräsentatives Gotteshaus errichten. Die Dreieinigkeitskirche entstand nach einem Entwurf des Nürnberger Architekten Johann Carl und diente als Vorlage des 1649 veröffentlichten Idealentwurfs eines protestantischen Kirchenbaus. Der zweite evangelische Kirchenbau Bayerns diente, nachdem Regensburg 1663 zum Sitz des "Immerwährenden Reichstags" geworden war, den evangelischen Gesandten als Gotteshaus.
Die frühbarocke Saalkirche mit ihrem mächtigen Satteldach und den zwei Türmen, dessen südlicher unvollendet blieb, ist verputzt und durch kräftige Natursteinelemente an Fenstern, Gesimsen und der Eckquaderung gegliedert. Nord-, West-, und Südseite haben alle ein Säulenportal. Der Sakristeianbau stammt von 1755. Der zwanzig Meter breite Kirchenraum wurde - bautechnisch ganz ungewöhnlich - in Leichtbauweise mit Stuckrippen aus Pappmaschee ausgeführt.
Da die Holzeinbauten wie etwa die Bänke im Altarraum und die Kirchenbänke mit ihren Bankpodesten durch aufsteigende Feuchte und Salze geschädigt waren, sahen die unaufschiebbaren Instandsetzungmaßnahmen auch die Restaurierung des umfangreichen bauzeitlichen Gestühls vor. Zu den historischen Sitzplätzen gehören das Chor-, das Wand- und das Laiengestühl im Langhaus, das in den Jahren 1630/1631 hergestellt wurde. Von der Feuchtigkeit geschädigt waren ebenfalls die Wandflächen, die Naturwerksteingliederungen und die Metall-Glas-Konstruktionen der Fenster, der Altar, die Kanzel, das Orgelgehäuse und der Natursteinboden.
Die Dreieinigkeitskirche in Regensburg ist eines von über 240 Projekten, die die bundesweit tätige Denkmalstiftung dank privater Spenden und Mitteln der GlücksSpirale bisher allein in Bayern fördern konnte.