Die schlichte Bruchsteinkirche war ursprünglich verputzt. Der hohe, quadratische, etwas eingezogene Westturm mit dem barocken Helm stammt vermutlich mit seinen kleinen Rundbogenfenstern von einem Vorgängerbau. Die barocke Saalkirche schließt mit einem langgezogenen, gerade endenden Chor ab. Das Innere deckt eine Holztonne. Die Ausstattung im Kirchenschiff ist barock, zu den Ausstattungsgegenständen gehören die hölzerne Doppelempore, eine Orgel und ein Taufengel. An dem geschnitzten Flügelaltaraufsatz ist besonders die Kreuzigungsgruppe zu erwähnen. 1730 wurden die Westteile des Turmes und des Kirchenschiffes erneuert.
Die Jacobikirche in Kleinbodungen wurde auch mit der NABU-Plakette „Lebensraum Kirchturm“ ausgezeichnet. Die weit über 700 ausgezeichneten Kirchen bieten zahlreichen seltenen Tieren einen Lebensraum, insbesondere den Fledermäusen und Schleiereulen.
Die St. Jacobikirche ist eines von über 440 Objekten, die die private Denkmalschutzstiftung dank Spenden und Mittel der GlücksSpirale, der Rentenlotterie von Lotto, allein in Thüringen fördern konnte.
