Die alten Ortskerne und Neubaugebiete auf der rechten Rheinseite von Koblenz sind im Laufe der Zeit zu einer großen Gemeinde zusammengewachsen. Rheinuferwege, Wälder und Weinberge, historische Gebäude und nicht zuletzt die Festung Ehrenbreitstein liegen auf dem Gemeindegebiet. 1892 war es den evangelischen Christen auf der rechten Rheinseite endlich gelungen, im heutigen Koblenzer Stadtteil Pfaffendorf ein Grundstück für den Bau einer Kirche zu erwerben. Zehn Jahre später wurde das Gotteshaus in der Emser Straße eingeweiht, das der Architekt Ehrhard Müller im neugotischen Stil entworfen hatte.
Von den Zerstörungen des Zweiten Weltkrieges blieb das Pfaffendorfer Gotteshaus weitgehend verschont. 1971 waren umfassende Sanierungsmaßnahmen erforderlich, die zu einer Neugestaltung des Innenraumes genutzt wurden. Eine erneute umfassende Innenraumsanierung wurde 1984 nötig, als Kanalbauarbeiten Fundamentprobleme auslösten. In der Nacht zum 17. Januar 1997 brannte der Chorraum aufgrund eines Kurzschlusses vollkommen aus. Kaum waren die beträchtlichen Schäden im Kircheninnenraum und an der Orgel behoben, als sich im September 1998 erneut Risse in Gewölbe und Mauerwerk zeigten, weil die Fundamente unterspült waren. Schließlich musste die Kirche im August 2000 auf viele Jahre für die Öffentlichkeit gesperrt werden.
Die evangelische Kirche in Pfaffendorf ist eines von über 130 Projekten, die die DSD dank Spenden und Mittel der GlücksSpirale, der Rentenlotterie von Lotto, bisher allein in Rheinland-Pfalz fördern konnte.